Hoci sa multivitamíny vo všeobecnosti považujú za pozitívny doplnok každodennej rutiny, môžu sa vyskytnúť niektoré vedľajšie účinky. Medzi najčastejšie vedľajšie účinky multivitamínov často patrí nevoľnosť, zápcha a hnačka. U niektorých ľudí sa môže vyskytnúť aj alergická reakcia; jeho hlavnými znakmi sú zvyčajne dýchavičnosť, žihľavka, svrbenie a opuch tváre, pier alebo jazyka. Niektoré minerály nachádzajúce sa v multivitamínoch majú ešte závažnejšie vedľajšie účinky, ako sú žlčníkové kamene, blokáda srdca, obličkové kamene a zlyhanie orgánov.
Niektoré vedľajšie účinky multivitamínov sú dočasné a časom pominú, keď sa telo na vitamín prispôsobí. Niektorí ľudia napríklad pociťujú nevoľnosť, zápchu alebo hnačku, keď prvýkrát užijú multivitamín. Príkladom je, keď multivitamíny obsahujúce železo spôsobujú zmenu farby stolice. Tieto vedľajšie účinky multivitamínov vo všeobecnosti nevyžadujú, aby používatelia prestali užívať, pokiaľ nezmiznú nejaký čas po ich pridaní do dennej rutiny.
Multivitamíny majú závažnejšie vedľajšie účinky, ktoré sa nepovažujú za normálne a mali by byť hlásené lekárovi ihneď po prerušení užívania vitamínu. Väčšina z nich je spojená s náhodným predávkovaním vitamínmi, čo je trochu bežné, pretože väčšina ľudí nepozná správnu dávku alebo si myslí, že existuje niečo ako príliš veľa vitamínov. Napríklad predávkovanie vápnikom môže viesť k žlčovým kameňom, obličkovým kameňom a srdcovým problémom s typickými multivitamínovými vedľajšími účinkami, ako je zápcha a nevoľnosť. Nadbytok draslíka môže spôsobiť blokádu srdca a to je len niekoľko z minerálov, ktoré často spôsobujú zdravotné problémy, keď sa užíva príliš veľa naraz.
Niektorí ľudia môžu zistiť, že sú alergickí na určité minerály nachádzajúce sa v ich multivitamínoch. To nemusí byť zrejmé, kým sa neobjavia špecifické príznaky dýchavičnosti alebo tlaku na hrudníku. Zatiaľ čo tieto znepokojujúce vedľajšie účinky multivitamínov sú dosť závažné, môžu sa vyskytnúť aj menej zjavné reakcie. Žihľavka, svrbenie a kožná vyrážka, ako aj opuch úst, jazyka a pier sú príznakmi alergie na multivitamíny. Bohužiaľ, keď užívate multivitamín, môže byť ťažké zistiť, ktorý minerál spôsobuje alergiu, pretože v každom doplnku je ich pomerne veľa.
Gény, ktoré spôsobujú slabosť